特定口座の「源泉徴収あり・なし」は何が違うのか——年間取引報告書の中身と、年明けの流れ

特定口座には「源泉徴収あり」と「なし」があります。この記事では、国税庁の解説と法令をもとに、両者の違い、選ぶ時期のルール、「特定口座年間取引報告書」の中身と年明けの流れを整理します。株などを売った利益は「売却益」と書きます。この記事は2026年10月25日時点の内容です。

この記事は一般的な制度の説明で、税務の個別相談や投資助言ではありません。金融機関から依頼や対価を受けて書いたものではなく、本文にアフィリエイトリンクはありません(サイト共通の扱いは運営方針をご覧ください)。

1. 特定口座は、証券会社が年間の損益を計算してくれる口座

この記事の根拠は、国税庁タックスアンサーNo.1476「特定口座制度」(令和8年4月1日現在法令等)と、租税特別措置法第37条の11の3です。国税庁のいう「金融商品取引業者等」は、この記事では「証券会社など」と書きます。

特定口座は、国内に住む個人などが証券会社などに開く口座で、1つの証券会社などにつき1口座に限られます(課税未成年者口座として設けられた特定口座を除く)。特定口座の中で上場株式等を売った売却益は、特定口座の外で売った他の株式等の所得と区分して計算し、この計算は証券会社などが行います(No.1476)。「上場株式等」は、取引所に上場する株式やETF(上場投資信託)、公募の投資信託などです(範囲はNo.1463)。

計算の結果は、証券会社などが作る「特定口座年間取引報告書」(以下「年間取引報告書」)にまとめられます。上場株式等の売却益は、他の所得と分けて税金を計算する申告分離課税です。税率は所得税15%・住民税5%で、ほかに復興特別所得税がかかります(No.1463)。令和9年1月1日以後の税率の変更は、No.1476では配当等の源泉徴収の説明の中で触れられています(復興特別所得税の税率が下がり、防衛特別所得税が併せて源泉徴収される)。売却益への適用は、この記事では扱いません。

出典: No.1476(特定口座の仕組み)、No.1463(上場株式等の範囲と税率)。「売却益」(国税庁の資料の「譲渡所得等」など)と「証券会社など」は運営者の言い換えです。

2. 「源泉徴収あり」と「なし」は何が違うのか

特定口座には2種類あり、口座の中で生じる所得から税金を差し引く(源泉徴収する)ことを選んだ口座が「源泉徴収口座」、選ばない口座が「簡易申告口座」です。No.1476とパンフレットはこの用語です。この記事では、源泉徴収口座を「源泉徴収あり」、簡易申告口座を「源泉徴収なし」と書きます(運営者の略称)。

源泉徴収ありの口座では、売るたびに、一定の計算により算出した売却益相当額に15.315%(所得税と復興特別所得税。ほかに住民税5%)を掛けた額が源泉徴収されます(No.1476)。

源泉徴収なしの口座では、税金は差し引かれません。上場株式等の売却益は、原則として確定申告が必要とされています(パンフレット)。簡易申告口座は、年間取引報告書により簡便に申告を行える口座です(パンフレット)。申告が必要な場合は、年間取引報告書をもとに申告して納めます。例外(給与所得者の20万円ルールなど)を含む申告の要否は、投資の利益、確定申告は必要かに整理があります。

申告するか申告不要とするかの選択は、口座ごとです(No.1476)。あり・なしの選択は年単位です(第3章)。住民税などへの影響は第6章です。どちらが有利かは示しません。

「申告不要」は、申告できないという意味ではありません。源泉徴収ありの口座内の売却益は、口座ごとに、申告するか申告不要とするかを選べます(No.1476)。パンフレットには、次の記述もあります。源泉徴収ありの口座内の売却益や配当等を申告したあと、申告しない扱いに変えることはできません。また、含めずに申告したあと、含めて申告する扱いに変えることもできません。申告の誤りの訂正の手続は、この記事では扱いません。

出典: No.1476、パンフレット。表1の観点は運営者の整理です。

3. 「あり」にするなら、年の最初の売却までに届出が要る

源泉徴収を選ぶには、その年の最初の譲渡(売却)の時までに、証券会社などに「特定口座源泉徴収選択届出書」を提出します(No.1476)。口座を開くときの選択が、この届出にあたるかは書かれていません(第6章)。

この選択は年単位で、年の途中で源泉徴収をやめる変更はできません(No.1476)。この制限は年の途中についてのものです。翌年分から変える場合の時期や手続は、根拠とした国税庁の解説(No.1476・パンフレット)には書かれていません(第6章)。

配当等(株の配当金など)は、源泉徴収ありの口座を開いている証券会社などを通じて受け取る場合に、その口座に受け入れることを選べます(利子等も。配当等は一定の大口株主等が受けるものを除く)。選ぶ場合は、「源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書」を提出します(No.1476)。

受け入れた配当等も、口座ごとに、申告するか申告不要とするかを選べます。ただし、その口座内で生じた売却損を申告する場合は、受け入れた配当等も併せて申告しなければなりません(No.1476)。

出典: No.1476(届出書の名称と時期、年単位、配当等の受入れ)。「株の配当金など」は運営者の言い換えです。

4. 年間取引報告書には何が書かれ、いつ届くのか

年間取引報告書のルールは法令にあります(租税特別措置法第37条の11の3、主に第7〜9項)。証券会社などは、その年に開設されていた特定口座について報告書を2通作り、翌年1月31日までに1通を税務署長に提出し、1通を口座の持ち主に交付します。

年の途中で特定口座を廃止した場合などは、その事由が生じた日の属する月の翌月末日までです。

意味の欄は平易な言い換えで、厳密な定義ではありません。法令の項目名は「所得の金額または差益の金額」ですが、「差益の金額」は差金決済(信用取引など)の項目で、この記事では扱いません。このほか財務省令で定める事項もあります。源泉徴収された税額の欄など、実物の項目と並びは、証券会社などの報告書で確認します。

数字は説明用の例です(運営者の計算)。No.1463の式は、「総収入金額(譲渡価額)−必要経費(取得費+委託手数料等)=上場株式等に係る譲渡所得等の金額」です。譲渡の対価の額130万円、取得費の額100万円、譲渡に要した費用の額1万円なら、所得の金額は29万円です。税額ではありません。式と報告書の項目の結びつけは運営者の対応づけです。No.1463は、譲渡価額に償還・解約で受け取る金額を含むとしています。

その年に売却も配当等の受入れもなかった特定口座は、報告書を交付しなくてよいとされています(請求すれば交付)。

本人の承諾があれば、書面に代えて電子的な方法(電磁的方法)で提供できます。この場合も、本人が請求すれば書面が交付されます。実際に届く日は法令には書かれていません。

出典: 租税特別措置法第37条の11の3第7〜9項(e-Gov法令検索、2026年10月25日取得)、No.1463(式と注2)。表2の言い換えと計算例は運営者のものです。

5. 年明けの流れ——報告書を受け取ってから

年明けに確認される項目を並べました(運営者の整理)。行うべき手順の指示ではありません。

1. 年間取引報告書が届く。交付期限は法令上翌年1月31日、届き方(郵送か電子か)は証券会社などによります。
2. 自分の特定口座が「あり」か「なし」か。「あり」で、その口座の売却益を申告しないなら、売却益の申告に報告書を使う必要はありません。
3. 申告が必要かどうか。源泉徴収ありの口座でも、他の口座の上場株式等の譲渡損益と相殺する場合は、申告が必要です。No.1474の特例(譲渡損失の損益通算・繰越控除)を受ける場合も同じです(No.1476)。No.1474の損益通算は、譲渡損失を上場株式等の配当等と合算すること、繰越控除は、引ききれない損失を翌年以後3年間にわたり繰り越すことです。要否と給与所得者の20万円ルールは、投資の利益、確定申告は必要かにあります。
4. 申告する場合は、報告書の数字(譲渡の対価・取得費・費用・所得の金額)が計算の元になる。マイナポータル連携(事前準備が必要です)なら、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で報告書の内容を自動入力できます(リーフレット、令和8年6月)。
5. 「あり」「なし」の変更手続は、取引する証券会社などの案内で確認するもの(国税庁の解説には書かれていません。第6章)。

年間取引報告書を申告書に添付する必要はありません(平成31年4月1日以後に提出する所得税の確定申告書・修正申告書)。国税庁は、添付不要とした書類について納税者に保存義務はないとしています(手続の簡素化)。申告の計算には報告書の数字を使い、手元に残すかどうかは資料には書かれていません。

出典: 法令第7項・第9項、No.1476・No.1474、手続の簡素化ページ、リーフレット。並べ方は運営者の整理です。

6. 資料に書かれていないこと

次の点は、根拠とした国税庁の解説と法令には書かれていません。取引する証券会社などのマイページ・案内、または所轄の税務署に確認してください。各項目の末尾は確認先の目安です。

• 翌年分から「あり」「なし」を変えたい場合の、具体的な手続と期限(いつまでに何を出すか)——証券会社など
• 最初の譲渡より後に届出書を出した場合に、その年分の扱いがどうなるか。No.1476は、最初の譲渡の時までの提出とだけ書いています——証券会社など・税務署
• 年間取引報告書が実際に届く日と届き方(郵送か電子か)。法令にあるのは期限と電子提供の定めだけです——証券会社など
• 口座を開くときの初期設定が「あり」「なし」のどちらか、その選択が届出書にあたるか、および証券会社などごとの取扱い——証券会社など
• 12月に売った分が、その年と翌年のどちらの年間取引報告書に入るか(約定日か受渡日か)——証券会社など・税務署
• 電子交付の承諾の条件と、電子交付された報告書を閲覧できる期間——証券会社など
• 申告するかどうかが、住民税・社会保険料・扶養にどう影響するか。パンフレットは、住民税の課税方式を所得税の選択と一致させる、と書くだけです——住民税は市区町村、社会保険料・扶養は加入先の保険者など

どちらにするかはご自身で決めることで、この記事は判断を示しません。

株式・ETF・投資信託などの価格は変動し、元本を下回ることがあります。特定口座は、税金の計算(源泉徴収ありの口座では税金の差し引きも)を手伝う仕組みで、損失を補う仕組みではありません。

出典: 一覧は、運営者がNo.1476、パンフレット、租税特別措置法第37条の11の3を確認して整理したものです。確認先の目安も運営者の整理です。

おわりに

「源泉徴収あり」はその口座内の売却益を申告不要とすることができ、「なし」は申告が必要な場合に年間取引報告書で申告します。「あり」にするなら年の最初の売却まで、報告書は原則1月31日までに交付され、申告の要否は下の関連記事にあります。

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